Det har blitt gjort flere undersøkelser av artene i omgivelsene rundt Pasvikelva gjennom det trilaterale samarbeidet. Målet er å samle tilstrekkelig informasjon om artene og utvikle langsiktige overvåkningsmetoder for å sikre en bærekraftig forvaltning av de verna områdene.

Den norsk forskningsinstitusjonen Bioforsk Svanhovd har gjort årlige tellinger av vannfugl i og ved Pasvikelva fra 1995. Pasvik Zapovednik har deltatt i disse tellingene. I 2007 publiserte Finland en undersøkelse av fuglene ved Enaresjøen 2007, og samme år ble det igangsatt en årlig telling av vannfugl. Det finske området for telling av vannfugl omfatter munningen til Ivalojokielva.

Territoriene til kongeørn kartlegges i alle de tre landene ved hjelp av felles metoder. Kartlegging av områdene langs grensen gir bedre informasjon om totalbestanden, og gir bedre vurderingsgrunnlag for kongeørnens konsekvenser for reindriften.

Prøver av bjørnemøkk og bjørnehår har blitt samlet inn i alle de tre landene for å få mer informasjon om brunbjørnbestanden i Pasvik-Enareområdet. I 2007 ble det prøvd ut nye metoder, hårfeller, for å få tak i hårprøver. Hår og møkk sendes til laboratoriet hos Bioforsk Svanhovd hvor DNA trekkes ut og analyseres. Med denne informasjonen kan forskere identifisere individer og bestemme kjønn. Slik skaffer forskerne seg et overslag over hvor mange bjørner som befinner seg i Pasvik-Enareområdet.

Virvelløse dyr, som maur, sommerfugler og biller, spiller en viktig rolle i økosystemet. Disse organismene kan brukes som indikatorer på miljøendringer forårsaket av menneskelige aktiviteter. Noen grupper er mer følsomme for endringer enn andre. Basiskunnskaper om artene og hvordan de reagerer er nødvendig for fremtidig overvåking. I Pasvik-Enare har det blitt gjort flere studier av virvelløse dyr. I 2007 ble det i hvert land testet en overvåkningsmetode med ulike arter maur.

Biotopene som er listet opp i EUs artsdirektiv har blitt kartlagt i Vätsäri ødemarksområde som en del av et nasjonalt program. I Pasvik Zapovednik har det blitt gjennomført kartlegging av landskapet, og i Norge er man i ferd med å kartlegge naturtypene i Pasvikdalen. Informasjon om undersøkelsene blir utvekslet for å sammenligne metodene som brukes.