Paatsjokilaakson ja sen lähialueiden luontoa ja lajistoa on jo pitkään tutkittu suomalais-norjalais-venäläisenä yhteistyönä. Tavoitteena on koota yhteen tietoja alueen lajistosta ja kehittää luonnon pitkäaikaisseurantaa, joka tukee suojelualueiden kestävää hoitoa ja käyttöä.

Norjalainen Bioforsk Svanhovd on toteuttanut vuosittaista vesilintuseurantaa Paatsjoella jo vuodesta 1995 ja myös venäläinen Pasvik Zapovednik on osallistunut vesilintuseurantaan. Suomessa lintutietoa on kerätty useiden vuosien ajan. Inarijärven linnut -selvitys julkaistiin vuonna 2007 ja samana vuonna aloitettiin myös jatkuva linnustoseuranta Ivalojokisuulla. Lisätietoja löytyy vuoden 2007 vesilinturaportista, Inarijärven linnusto -julkaisusta ja Svanhovdin vesilinturaportista (vain norjaksi).

Maakotkaseurantaa toteutetaan kussakin yhteistyömaassa yhtenäistettyä menetelmää käyttäen. Reviirien kartoittaminen ja pesintätilanteen selvittäminen eri maiden alueella antaa laajemman kuvan populaation tilasta ja helpottaa maakotkan porotaloudelle aiheuttamien vahinkojen arvioimista. Lisätietoja löytyy vuoden 2007 maakotkaraportista.

Paatsjoen-Inarin karhukantaa tutkitaan moderneja menetelmiä hyödyntäen. Karhun karva- ja ulostenäytteitä on kerätty yhteistyöalueella DNA-näytteiden saamiseksi. Näytteiden DNA eristetään ja analysoidaan laboratoriossa. Perinnöllisen informaation avulla tutkijat pystyvät tunnistamaan karhut yksilöllisesti ja määrittämään niiden sukupuolen ja sukulaisuussuhteet, ja tutkimuksen avulla voidaan tehdä entistä tarkempia kannanarvioita. Uutta, häiriötöntä menetelmää karvanäytteiden saamiseksi karvannyhtöasemien avulla testattiin vuonna 2007. Karhututkimuksesta kerrotaan enemmän vuoden 2007 raportissa.

Selkärangattomilla on keskeinen rooli ekosysteemin toiminnassa. Useiden hyönteisryhmien, kuten muurahaisten, perhosten tai kovakuoriaisten, katsotaan olevan indikaattoreita, jotka reagoivat herkästi ihmistoiminnan aiheuttamiin suoriin tai epäsuoriin ympäristövaikutuksiin. Ryhmien herkkyys muutoksille vaihtelee, ja perustietoa lajeista ja niiden vasteista tarvitaan seurannan pohjaksi. Paatsjoki-Inari-alueella on toteutettu useita selkärangattomiin liittyviä tutkimuksia. Vuonna 2007 muurahaisten seurantaan perustuvaa menetelmää testattiin alueella. Lisää muurahaisseurantakokeilusta vuoden 2007 raportista.

EU:n luontodirektiivin luontotyypit on kartoitettu Vätsärin erämaa-alueella osana kansallista kartoitusta, Pasvik Zapovednik on toteuttanut alueellaan maisematyyppikartoituksen, ja Norjassa luontotyyppiselvitystä toteutetaan parhaillaan. Yhteistyökumppanit ovat vaihtaneet tietoja luontotyyppi-informaation keräämisessä käytettävistä menetelmistä. Tavoitteena on selvittää mahdollisuuksia menetelmien yhdenmukaistamiseksi.