Paatsjoen-Inarin alueella on elinvoimainen karhukanta. Karhut liikkuvat yli valtiorajojen, ja populaatio onkin kolmen maan yhteinen. Kolmannes Norjan karhuista elää Paatsjoen alueella, jonne myös norjalainen karhututkimus keskittyy. Erämaan yleisimmät saalistajat ovat kuitenkin kettu, kärppä ja näätä. Ahma on suojelutoimenpiteistä huolimatta nykyään harvinainen. Susi puolestaan oli ennen sotia yleisempi, mutta nykyään vaeltelevia yksilöitä tavataan harvakseltaan. Myös ilveksiä tavataan harvoin.

Laitumena koko erämaa

Poronhoito on yksi alueen pääelinkeinoista. Koko erämaa on porojen laidunaluetta. Talvisin arviolta 6000 poroa laiduntaa Suomen ja Norjan metsissä. Laidunalueet vaihtelevat vuodenaikojen ja ravintotilanteen mukaan. Valtioiden rajalla aita estää porojen liikkumisen. Pasvik Zapovednikin alueella porojen laidunnus ei ole sallittua, ja silloin tällöin paremman jäkälän toivossa rajan ylittävät porot ajetaan nopeasti takaisin Norjan puolelle. Myös Paatsjoen-Inarin hirvikanta on melkoisen suuri.

Nimensä veroinen Höyhenjärvi

Paatsjokilaakson kosteikkoalueet ovat linnustoltaan rikkaita. Paatsjoen luonnonpuiston ytimen muodostaa Höyhenjärvi (Fjaervann), joka on Paatsjoen luonnontilaisimmillaan säilynyt osa. Matalan järven vesi- ja rantakasvillisuus on rehevää. Höyhenjärven jää sulaa aikaisin keväällä ja jäätyy vasta myöhään syksyllä, ja alue onkin useiden muuttomatkalaisten tärkeä levähdyspaikka. Myös pesivien sorsalintujen ja kahlaajien määrä on suuri. Aikaisin keväällä pesintäänsä aloittelevat telkät, kuikat ja koskelot. Uivelo on harvalukuisempi, eikä laji pesi Norjassa juuri muualla kuin Paatsjoella. Metsäalueella pesivä mustaviklo käy ruokailemassa Paatsjoen rannoilla. Yleisimmän rantojen asukkaan, rantasipin puolestaan tunnistaa helposti sen keikkuvasta pyrstöstä. Soilla ja rantaniityillä voi keväällä ihastella juhla-asuisten suokukkojen hiljaista soidinta. Hyvällä onnella voi nähdä kalasääsken syöksähtelevän joen yllä.

Metsän itäiset asukkaat

Paatsjoen lähimetsissä pesii useita itäisiä lajeja, kuten lapintiainen, kuukkeli ja tilhi. Taviokuurna, järripeippo ja pohjantikka ovat myös yleisiä. Metsäkanoista yleisimmät ovat metso ja riekko. Pöllöistä tavallisin on hiiripöllö, mutta metsäalueella pesii myös esimerkiksi harvinainen lapinpöllö. Monen saalistajan, kuten alueella yleisen piekanan esiintyminen riippuu suuresti myyrien määrästä. Myyräkanta vaihtelee sykleittäin, eivätkä piekanat aloita pesintää huonona myyrävuotena. Myös lapinpöllön pesintä riippuu ravintotilanteesta. Vaarantuneiden lajien, kuten maakotkan pesiä kartoitetaan ja lajin pesintätilannetta seurataan kunkin maan aluetta.

Näkyvät ja näkymättömät selkärangattomat

Hyönteiset muodostavat laajan ryhmän, johon kuuluu monia kiinnostavia lajeja. Metsäjärvellä lentävä kauniin sinertävä pohjanukonkorento ei jää kulkijalta huomaamatta, kuten eivät rantaniittyjen sinisiivet ja nokiperhosetkaan. Kekomuurahaisen asuinsijat reunustavat polunvarsia. Pohjoiset metsät tunnetaan myös hyttysten, mäkäräisten ja polttiaisten tyyssijana. Harmi on kuitenkin lyhytaikainen. Jokihelmisimpukan eli raakun esiintymistä Paatsjoen vesistöalueella on tutkittu viime vuosina. Norjan ja Venäjän sivujoissa raakkuja esiintyy, mutta Paatsjoen vesistöalueen Suomen puoleisilta alueilta ei raakkuja kartoituksissa löytynyt.