Pohjoisen havumetsävyöhykkeen laidalla

Paatsjokilaakso ympäröivine erämaineen sijaitsee pohjoisen havumetsävyöhykkeen luoteisreunalla. Pohjoisessa männikkö vaihettuu tunturikoivuvyöhykkeeseen. Laajat suoalueet ympäröivät jokilaaksoa, ja yhtenäinen mäntymetsä kattaa laajan alueen Inarijärveltä Paatsjoelle. Tunturit ovat matalia ja usein metsän peittämiä. Hallitseva puulaji on mänty, mutta kasvaa erämaassa harvakseltaan myös lehtipuita, kuten koivu, haapa ja raita. Rauduskoivun pohjoisimmat kasvupaikat lienevät Kyyneljärven koillispuolella ja Norjan puoleisessa Paatsjokilaaksossa.

Metsien, soiden ja vesien mosaiikki

Metsän keskellä suurten järvien kivikkoiset rannat avartuvat kulkijan eteen puiden lomasta. Tuhannet pienet suot ja lammet tekevät maastosta vaikeakulkuisen sokkelon. Paatsjokea ympäröivät laajat kosteikkoalueet, mutta erämaassa laajat avoimet suoalueet ovat harvinaisempia, nevat ja rämeet pilkkovat aluetta. Paatsjoen ympäristössä tavataankin mitä moninaisimpia suotyyppejä. Norjan ja Venäjän palsasoiden suuret palsakummut ovat ikiroudassa.

Vanhaa ja nuorta metsää

Pohjoisen ankarissa olosuhteissa mäntymetsä on matalakasvuista. Erämaan sydänosissa männikkö on saanut kehittyä ilman huomattavaa ihmisvaikutusta, ja esimerkiksi Vätsärin ylängön laitamilla kasvaa paksuja petäjiä. Venäjän rajavyöhyke on ollut osittain ihmistoiminnan ulottumattomissa. Ylä-Paatsjoen kansallispuistossa on Norjan laajin vanhan metsän alue. Alueelta löytyy paikoin 300-400 vuotta vanhoja puita.

Metsät eivät ole kuitenkaan säilyneet täysin muuttumattomina. Vätsärin ylänköalueen koivikko ei koskaan toipunut tunturimittarin massaesiintymisen 1960-luvulla aiheuttamasta häiriöstä. Ihminen on vaikuttanut metsien rakenteeseen esimerkiksi sammuttamalla metsäpaloja tehokkaasti. Metsäpalot ovat olleet tärkeä tekijä metsien uudistumisessa, ja vanhoissa puissa näkee usein palojen jälkiä. Palot ovat luoneet metsään valoisia aukkoja, joissa uudet taimet ovat päässeet kasvun alkuun. Kessissä, Vätsärin erämaa-alueen eteläpuolella, vanhat kannot kielivät menneistä hakkuista.